ในช่วงต้นคริสต์ทศวรรษ 1340 ความสัมพันธ์กับไบแซนไทน์เลวร้ายลงชั่วคราว เมื่อซาร์อีวัน อาแลกซันเดอร์ได้เรียกร้องให้จักรวรรดิไบแซนไทน์ส่งตัวเจ้าชายชิชมัน หนึ่งในพระโอรสของซาร์มีคาอิลที่ 3 ชิชมันกลับสู่บัลแกเรีย พร้อมทั้งขู่ประกาศสงครามหากนิ่งเฉย การขู่ใช้กำลังครั้งนี้ของซาร์อีวัน อาแลกซันเดอร์ในครั้งนี้ได้ผลตรงกันข้าม เนื่องจากจักรวรรดิไบแซนไทน์ทราบเจตนาที่แท้จริงของพระองค์ จึงได้นำกองทัพเรือพันธมิตรชาวตุรกีจากอูมูร์ เบย์ เอมีร์แห่งสเมอร์นา ซึ่งได้ขึ้นฝั่งที่บริเวณดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำดานูบและปล้นสะดมพื้นที่ชนบท พร้อมทั้งเข้าโจมตีนครของบัลแกเรียที่อยู่ใกล้เคียง ด้วยการถูกบังคับให้ระงับข้อเรียกร้อง ซาร์อีวัน อาแลกซันเดอร์จึงรุกรานจักรวรรดิไบแซนไทน์อีกครั้งในปี ค.ศ. 1341 โดยอ้างว่าชาวเอเดรียโนเปิลเรียกหาพระองค์[17] อย่างไรก็ตามกองกำลังพันธมิตรของไบแซนไทน์สามารถเอาชนะกองทัพของซาร์อีวัน อาแลกซันเดอร์ในการรบใกล้กับนครเอเดรียโนเปิลได้ถึง 2 ครั้ง[18]

ในปี ค.ศ. 1341–1347 จักรวรรดิไบแซนไทน์ต้องเผชิญกับปัญหาสงครามกลางเมืองที่กินระยะเวลายาวนาน เพื่อแย่งชิงสิทธิ์การเป็นผู้ปกครองของจักรพรรดิจอห์นที่ 5 พาลาโอโลกอส ซึ่งยังทรงพระเยาว์ ระหว่างกลุ่มของผู้สำเร็จราชการภายใต้การนำของแอนนาแห่งซาวอยและกลุ่มของจอห์นที่ 6 คันตาคูเซนอส ซึ่งเป็นผู้ปกครองที่หมายมั่นไว้ ประเทศเพื่อนบ้านของไบแซนไทน์ต่างฉวยโอกาสจากสงครามกลางเมืองครั้งนี้ โดยพระเจ้าสแตฟัน อูรอสที่ 4 แห่งเซอร์เบียทรงสนับสนุนจอห์นที่ 6 คันตาคูเซนอส ในขณะที่ซาร์อีวัน อาแลกซันเดอร์ทรงสนับสนุนจักรพรรดิจอห์นที่ 5 พาลาโอโลกอสและคณะผู้สำเร็จราชการ[5] แม้ว่าทั้งสองประเทศจะให้การสนับสนุนขั้วอำนาจที่แตกต่างกันในสงครามกลางเมือง ทั้งสองฝ่ายยังคงสถานะเป็นพันธมิตรต่อกัน ซึ่งในปี ค.ศ. 1344 ซาร์อีวัน อาแลกซันเดอร์ได้ดินแดนนครฟิลิปโปโปลิส (ปลอฟดิฟ) รวมไปถึงป้อมปราการสำคัญ 9 แห่งบริเวณเทือกเขารอดอปปีจากการที่พระองค์สนับสนุนกลุ่มของผู้สำเร็จราชการ[3][19] จากการพลิกกลับอย่างสันตินี้อาจกล่าวได้ว่าเป็นความสำเร็จครั้งใหญ่ครั้งสุดท้ายของการดำเนินนโยบายการต่างประเทศในรัชสมัยซาร์อีวัน อาแลกซันเดอร์